一、加热方式：
　　
　　二氧化碳培养箱有气套式加热和水套式加热两种方式。
　　
　　水套式加热是通过一个独立的水套层包围内部的箱体来维持温度恒定的，其优点：水是一种很好的绝热物质，当遇到断电的时候，水套式系统就可以比较长时间的保持培养箱内的温度准确性和稳定性（维持温度恒定的时间是气套式系统的3~4倍），有利于实验环境不太稳定（如有用电限制，或者经常停电）并需要保持长时间稳定的培养条件的用户选用。
　　
　　气套式加热是通过遍布箱体气套层内的加热器直接对内箱体进行加热的，又叫六面直接加热。与水套式相比，具有加热快，温度恢复比水套式培养箱迅速的特点，特别有利于短期培养以及需要箱门频繁开关的培养。
　　
　　气套式设计比水套式更简单化（水套式需要对水箱进行加水、清空和清洗，并要经常监控水箱运作的情况）。
　　
　　二、温度均一性：
　　
　　二氧化碳培养箱箱体内的温度均一性也是用户需要考虑的主要因素，一般在箱体内配备了风扇以及风道的培养箱的均一度要好很多，同时此装置还有助于箱内温度、CO2浓度和相对湿度的迅速恢复。当然，风扇/风道的优化也是同等重要的，大直径风扇和循环风道能够保证箱体内温度和二氧化碳浓度的均一性。大直径风扇相比其他品牌培养箱的风扇，能够在低转速（低风速）时产生大的空气循环流量，在达到均一性目的的同时，降低风速、减少箱内震动。降低风速、减少震动同时也就大大提高了箱内细胞培养的成功率。
　　
    三、温控系统：
　　
　　保持二氧化碳培养箱内恒定的温度是维持细胞健康生长的重要因素，因此可靠的温控系统是培养箱不可或缺的重要部分。为了使培养箱更加稳定的工作，应选用具备相互独立三重温度控制功能的二氧化碳培养箱，即箱内温度控制、超温报警控制和环境温度监控。